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Bioinformatics_생명정보학 관련질문

2023.07.22

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요즘 논문을 보면 많이들 생명정보학을 사용해서 자신들의 데이터를 빅테이터와 연관짓어서 impact를 높이는 것으로 알고 있습니다[ 이게 사실인지 ? 잘은 모르나 대개 높은 수준 저널이 이렇게 해서 판단 ]

그렇다면 선배님들께서는 빅테이터와 나의 데이터를 연관짓어서 연구를 진행할때에 새로운 즉 New 한것을 어떻게 찾아내는지 알 수 있을까요?

빅테이터는 이미 있는 데이터들이 엄청 많은 양으로서 존재 하는것이고
그것을 얼마나 잘 조리있게 정리하고 가공하는 스프트웨어가 필요하다고 생각합니다.

그래서 Chatgpt가 딥러닝으로 성공할 수 있었다고도 생각하고요.

그럼 과학에서 이런 인공지능이 new한 것을 찾는데 어떤 역할을 할 수 있는지 의견 주실 수 있을까요?

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댓글 4개

2023.07.23

바이오인포매틱스 전공자로서 의견드립니다.

- 높은 수준 논문들는 자신들의 데이터를 빅데이터랑 연결시키는게 아니라, 자신들의 데이터 자체가 빅데이터(많은 샘플수)입니다. 생명정보학은 어떠한 생물학적인 현상을 밝혀내기 위해 그러한 빅데이터로부터 숨어있는 생물학적인 의미가 무엇인지 수학&통계학적으로 찾아내는 방법론입니다. 따라서 생명정보학 연구는 수학에 가깝습니다. 이미 있는 빅데이터를 잘 정리하고 검색하기 쉽게 만드는 것도 생명정보학 연구 주제중 하나이지만 말씀하신 수준높은 의학/생물학 논문들의 주제는 아닙니다.

- new한것을 찾아낼 때에는 많은 수학&통계학적방법론이 사용됩니다. 빅데이터를 단순히 검색하는 것과는 많이 다릅니다.

- 생명정보학은 이미 있는 빅데이터를 잘 정리하고 가공하기보다는 어떠한 생명현상의 원리를 밝혀내기 위해서 수학&통계학적으로 근거를 찾아서, 감이나 추론으로는 찾기 어려운 인과관계와 원인을 찾아내는 학문입니다. 따라서 소프트웨어가 중요하다기 보다는 방법론(주로 수식)이 중요합니다. 물론 이 방법론을 구현하기 위해서는 소프트웨어(코딩)이 사용됩니다.

- 인공지능(GPT)도 역시 수학(수식)으로 이루어져있습니다. 과학 여러분야에서 빅데이터로부터 어떠한 현상의 근거와 원인을 파악하는데 사용될수 있습니다.

대댓글 3개

2023.07.23

와 정말 감사합니다...

기회되면 꼭더 배워보고 싶네요... ㅠㅠ

의견 감사하며 , 딱 한거지 더 질문을 드리고 싶네요.

어떻게 자신의 데이터가 빅테이터 만큼 커질 수 있게 서칭할 수 있는거죠?
암 생물학 에서 알려진 바이오마커 마커 이외에 것을 찾는다 한다면 이해가 어려워서요. ㅠㅠ

2023.07.23

빅데이터를 이용하는 높은 수준의 논문들은 병원과 협업하여 실제 환자들의 데이터를 수집합니다. 네이처나 네이처 자매지에 실리는 논문들은 예를들어 암 환자 수백명~천여명 단위로 수집합니다.

하지만 병원과 협업하지 않는 대부분의 경우 에는 공개된 데이터를 이용합니다. 암 데이터의 경우 TCGA라는 데이터셋이 가장 유명한데 몇몇 암의경우 천명 이상의 환자를 수집한 데이터셋입니다.

바이오인포매틱스 연구주제는 보통 기존에 알려진거보다 더 정교한 새로운 방법론(수식)을 제시하고, 이를 이런 공개된 데이터셋으로 비교 검증하여 실제로 제시한 방법론이 기존의 것보다 더 낫다고 주장하는 논문입니다.

새로운 바이오마커를 찾을때에도 병원과 협업할때에는 그 병원 데이터에 방법론을 적용해서 찾아내거나, 새로운 방법론을 제시하는 논문을 쓸때에는 공개된 데이터셋으로 제시하는 방법론을 검증해봅니다. 하지만 이렇게 찾아낸 바이오마커가 실제 바이오마커일지는 확실하게는 모르고 실험적(임상적)으로 차후 연구에서 검증해봐야겠죠.

2023.07.23

저에게는 정말 커다란 정보입니다.
정말 감사하고요!!

Edx MIT 프로그램으로 좀 더 배워보고싶은 동기가 되었네요!!

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