일본 대학원 진학 관련 질문드립니다.

안녕하세요 저는 지방사립대 생명과학부 2학년 재학중인 대학생입니다.
미생물에 관심이 있어 대학교 진학 전부터 관련 정보를 많이 찾아봤었는데 미생물 관련 분야는 일본, 미국을 비롯한 외국이 훨씬 뛰어나다는 사실을 알게 되었습니다.
그런데 주변에서 미생물해서 뭘 먹고 사냐, 실제로 공부해보면 생각이 달라질지도 모른다고 해서 동경대학교 미생물학과 석박 출신이신 교수님 랩실에 들어가서 학부연구생으로 공부하고 있는데 공부도 실험도 나름 재미있고 적성에도 맞더라고요.
그래서 학부 졸업 후 일본 대학원으로 진학해서 연구하고 싶은데 괜찮으시다면 몇 가지 질문 받아주시면 감사드리겠습니다.

1. 대학원에 진학할 때 동경대학교 교수님의 추천서가 다른 미박하신 교수님의 추천서보다 구제국대학원에
입학할 때 도움이 될까요?
(그렇다고 교수님의 후광만을 업으려는 것만은 절대 아니고 개인적으로 할 수 있는 노력은 다 하려고 합니다!)

2. 랩실에서 여러 가지 활동을 하면서 논문도 적고, 여러가지 실험도 할 생각인데 이런 경험들이 대학원 입학에 얼마나 영향을 미칠지 궁금합니다.

3. 이건 좀 이른 고민이지만 박사졸업하고 기업이나 연구소에서 정규직 전환이나 승진에 있어서 한국이 차별이 있는지 궁금합니다.

미국으로 진학하는 것이 향후 커리어나 한국으로 리턴했을 때도 더 좋은 결과를 줄 거라고 하시는 분들도 계실 거고 물론 그 말씀은 사실이겠지만 저는 한국으로 리턴할 생각은 딱히 없고, 제 인생목표는 최고가 되는 것보단 좋아하는 거 연구하면서 적당히 사는 것이기에 일본 관련된 조언을 해주시면 매우 감사드리겠습니다!

타국 대학원과 비교하여 일본 대학원과 관련된 글은 많지 않아 부득이하게 물어보게 되었습니다.
어리고 미숙한 학부생에게 부디 답변해 주신다면 감사드리겠습니다!