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Alphafold2

2024.01.26

5

451

Alphafold 2 로 구조 분석해서
단백질 구조에 ligand docking 메카니즘 규명하는 연구를 교수님께서 해보라는데

보통 크리스털 또는 NMR 분석으로 단백질 구조 분석하고
컴퓨터로 시뮬레이샨 돌리는걸로 알고 있는데

Alphafold data 만으로 이 분석을 할 수 있을까요?

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댓글 5개

2024.01.27

단백질 구조가 십수개 풀은 박사인데 뭔소린지 모르겠음
알아듣게 제대로 얘기좀
Alphafold2는 예측구조가 나오는거인데, 그거 이용해서 docking 하라는거?

대댓글 2개

2024.01.27

단백질 구조가 X
단백질 구조만 O

2024.01.27

죄송합니다.. 말이 좀 이상했네요

화합물과 단백질간의 상호작용을 기초로 단백질과 특정 화합물[리파마이신, PET의 BHET 같은 물질] 을 코드화 해서 단백질의 어떤 위치에 물질이 결합하여 단백질의 기능을 저해하는지에 대한 연구중입니다.

그런데 제가 가지고 있는 단백질의 구조를 Alphafold2 말고는 구조가 해석된 자료가 없어서요.

그래서 논문에 기제시 Alphafold2 프로그램을 통해 구조를 예측하고 예측한 데이터를
Docking Software를 통해서 시뮬레이션 돌려봤을때 , -- domain 어떤 서열에 붙기 때문이다 라고 설명해도 되는지 궁금합니다.

2024.01.27

Uniprot에서 해당 단백질 검색해서 들어가면 alphafold 구조 다운 받을 수 있음.
galaxyWEB 같은 곳에서 해당 구조(pdb format)이랑 화합물 정보넣으면 docking가능
논문에 사용 가능함

대댓글 1개

2024.01.27

감사합니다!

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