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bioinformatics 전공이나 R 다루는 분들 계십니까ㅠ

허기진 니콜라 테슬라*

2023.05.01

17

2016

질문 자체는 한마디로 기초부터 시작할만한 서적이나 무료 강좌나 PDF등 추천할만한 게 있을까요?..입니다

원래 Bioinformatics를 배우고 싶어서 재작년 말에 학교에서 진행하는 수업을 들었는데
이게 그냥 속성으로 진행해서 띄엄띄엄하다보니까
걍 R 가지고 단순한 덧셈뺄셈 이런거나 행렬 만드는거야 상관이 없는데
그 이상의 마치 속성 야매 과외하듯... 중간과정을 숭덩숭덩 빼버리고 진행하는 식이어서;;
저희 실험실 컴퓨터로는 힘든 부분도 있고 해서 포기했습니다..
그렇게 몇 달간 사실상 놓고 지냈죠...

그러고나서 이제 작년 봄에 졸업논문 쓰는 과정에서 저희가 dry lab 실험실과 콜라보해서
RNA-seq 해가지구 이번에 논문을 쓰게됬는데, RNA-seq 데이터는 그쪽에서
GO 분석 싹 해줘가지고 저는 그거 엑셀파일 받은거 주긴 했는데...
저희가 이거저거 필터링해서 그래프 좀 그려주세요..라고 말해도 됬겟지만은
그렇게 요구만 하면 저는 배우는건 없을 것 같고.. 그렇다고 막상 배운거 써먹어보면서
내가 해보자니.. 실험실 컴터로는 힘들고,
내심 교수님께서는 나름 뭔가를 배워오길 바랬던 마음이 있으셨던 것 같은데
그런건 너무 시간이 오래 걸릴 것 같고..라는 생각에 그 당시에는
엑셀갖고 필터링 노가다해서(.....) prism으로 꾸역꾸역 그려서 그래프 겨우 만들었습니다.

그 과정에서 아 이런거 R로 할줄 알면 필터링 딱딱해서 건져낼건데
혼자 몇시간동안 몇주간 개 썡쑈를하고 있자니 현타가 한번 왔습니다.
교수님한테 욕도 먹구요 ㅡ.ㅡ;;

그러다가 또... 논문 작성하다가 보니까 저는 헤매고 있는데
교수님은 역시 교수님이라고 그런가;; 뭔 저보고 R로 그래프 그려오라고 하셔서
그리다가 예쁘게 그리는 생각도 하기 전에 어떻게 그리는지도 존나게 헤매고 있는데
어느샌가 홀라당 교수님이 직접 다 배우셔가지고 바꿔놓으셨더라구요 ㅡㅡ;;

그래서 결국 너는 그거 배웠다면서 제대로 쓰지도 못하고 뭐하니??라는 잔소리만 얻어먹고....
쭈굴쭈굴... 걍 하던 실험만 쭉 해서 figure 만들어놓고 또 어느샌가 시간이 지났습니다.

그러다 아 이걸 진짜 어떻게든 배워둬야지 안 배우면 안 되겠다..생각이 든게...
저희 학교가 매년 저희 학과 실험실 학생들 다 모여서 학회 비스무리하게 하는게 있습니다.

저보다 딱 한살 위인가 동갑?이신분이 (저 이제 만30살입니다..) 작년에 교수로 부임하신분이 계신데
주로 bioinformatics로 실험하시는 분인데 그 나이에 요새 교수 되는 것도 엄청 대단하지만..
거기 실험실에 유학온 박사 2년차 학생이 발표를 하는데 GEO data 7개 가지고
제가 주전공이 아니니 완벽히 이해는 못했지만 그래도 나름 그 학생도 뭔가 고생은 했겠죠..
암튼 그걸로 single-cell RNA seq data 만들어서 11점짜리 논문 뚝딱 냈따고 하니까

아 뭔가.... 여기는 마우스 대갈통 수십마리 쪼개서 염색하고 갈아서 웨스턴하고
별에 별짓을 다 하고 세포실험에 뭐에 노가다 해서 겨우 10점짜리 내보는데
저기는 허허..라는 생각에 뭔가 또 얻어맞은 듯한 현타가 또 다시 왔습니다..

결국 이대로는 안되겠다 싶어 논문 쓰는 시간 이외에는
좀 이걸 뭐라도 해봐야겠다 싶어서 다시 붙잡았는데 가장 먼저 시도한게
교수님이 그린 그래프들을 내가 한번 그려보자.였습니다

해당 그래프에 사용된 데이터는 엑셀파일로 갖고있어서 불러오긴 했는데...
구글링해가면서 비슷하게 만들려고 하는데 일정 부분 잘되다가 어느 부분에서 자꾸 막히거나 안됩니다..
왜 안되는지 이해하려해도 그 부분에 대한 개념이 없으니 욕지거리만 나옵니다.

아무래도 이런 야매식으로는 또 까먹을 것이 분명하기에...
기초부터 해야하겠다 싶어서 구구절절 글 씁니다...ㅠ

그리고.. RNA-seq 저것도 STARS가 너무 빡센거지 다른 프로그램도
일반적인 컴퓨터로도 돌릴 수 있다고하는데 맞을까요..? 그렇다면 좀 집에 있는 컴퓨터라도
써볼까합니다...


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댓글 17개

2023.05.02

집 컴퓨터로 하시면 되고, 처음 하시는 거면 파이썬이 쉬워요. ScanPy 검색해보시고 튜토리얼 따라해 보세요.

대댓글 1개

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깐깐한 막스 플랑크*

2023.05.02

유투브에 곽기영 교수님 강의가 잘 정리되어있는듯
바이오 하시는 분은 아니지만 R 자체는 한글 강의중에 그만한거 공짜로 찾기 힘듦

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깐깐한 막스 플랑크*

2023.05.02

영어 잘하시면 머 유투브에 좋은 영어 강의 널렸고

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