석사 졸업 논문 주제 지도 교수님이랑 의견 차이 있을 때

안녕하세요.
저는 이제 석사 막학기 들어가면서 졸업 논문을 준비하는 중입니다.
지도 교수님이 시작해도 좋다고 허락을 해주시면 그 때부터 육개월 안에 모든 걸 마치는 시스템입니다.
제가 같이 하고 싶은 교수님과 컨택해서 지금 한 이주 전부터 구체적인 주제로 얘기가 시작됐는데 교수님 생각이랑 제 생각이 다릅니다.

주제가 완전히 바뀐 건 아니지만 교수님은 제가 생각하는 거랑 다른 방향으로 계속 아이디어 보내주시는 데 제 생각은 그게 아니라서 그걸 말해도 되는 건 지 그냥 교수님 생각을 따라야 하는 건지 고민스럽네요. 방법론적인 문제가 아니고 인과관계 설정이 저랑 생각이 많이 다르세요. 이 교수님 밑으로 박사 과정 지원까지 막 한 상태라 혹시 영향을 미칠까 싶어서 더 고민이 됩니다.